Spastic paraplegia type 20 (SPG20), also known as Troyer syndrome, is a complex form of hereditary spastic paraplegia (HSP), caused by biallelic deleterious variants in the SPART gene. We performed whole-exome sequencing (WES) in a 10-year-old boy with spastic paraparesis, dyskinesia, intellectual disability, speech delay, congenital anomalies, white matter changes, and sensorimotor neuropathy. WES revealed a homozygous nonsense variant in exon 4 of SPART (Gln374Ter), which was found in a heterozygous state in the mother and absent in the father. Analysis of polymorphisms from WES data indicated maternal uniparental disomy (UPD) of chromosome 13, explaining the observed homozygosity. This case underscores the importance of parental segregation studies when homozygous variants are identified, as UPD significantly impacts genetic counseling and recurrence risk. It also highlights the value of bioinformatics tools in WES trio analysis to detect UPD, improving diagnostic precision in clinical settings.

A case of DEE98, a rare developmental and epileptic encephalopathy related to previously reported the de novo missense mutation p.Arg908Gln in the ATP1A2 gene, is described. A girl examined first time in 11 months had microcephaly, severe mental and motor delay, strabismus, spastic paraparesis and pachypolymicrogyria on brain MRI that is atypical for DEE98. Epilepsy with polymorphic seizures started at the age of 15 months. There was a remission lasting 9 months, after which seizures renewed. DEE98 was diagnosed at the age of 2 years 9 months by exome sequencing verified by trio Sanger sequencing. Another finding from high-throughput exome sequencing were two previously undescribed heterozygous variants of uncertain pathogenicity in the SPART gene, which causes autosomal recessive spastic paraplegia type 20 (SPG20); Sanger sequencing confirmed the trans position of the variants. The common clinical sign with typical SPG20 was early spastic paraparesis with contractures; other symptoms did not coincide. Considering the phenotypic diversity of SPG20 and the possibility of a combination of two independent diseases, we performed an additional study of the pathogenicity of SPART variants at the mRNA level: pathogenicity was not confirmed, and there were no grounds to diagnose SPG20. Описан случай редкой энцефалопатии с нарушением развития и эпилепсией (ЭНРЭ), вызванный ранее описанной миссенс-мутацией p.Arg908Gln de novo в гене ATP1A2: ЭНРЭ98. У девочки, впервые обследованной в 11 мес, наблюдались микроцефалия, выраженная задержка психомоторного развития, страбизм, спастический парапарез и нетипичная для ЭНРЭ98 пахиполимикрогирия по МРТ. С 15 мес эпилепсия с полиморфными приступами, 9-месячной ремиссией и возобновлением приступов. ЭНРЭ98 диагностирована в 2 года 9 мес методом высокопроизводительного экзомного секвенирования с последующим семейным секвенированием по Сэнгеру «трио». Другой находкой при высокопроизводительном экзомном секвенировании были два ранее не описанных гетерозиготных варианта неопределенной патогенности в гене SPART, вызывающем аутосомно-рецессивную спастическую параплегию 20-го типа (SPG20); секвенированием по Сэнгеру доказано транс-положение вариантов; общим с типичной SPG20 клиническим признаком был ранний спастический парапарез с контрактурами, другие симптомы не совпадали. Учитывая фенотипическое разнообразие SPG20 и возможность сочетания двух независимых болезней, провели дополнительное исследование патогенности вариантов SPART на уровне мРНК: патогенность не подтвердилась, оснований для диагноза SPG20 не было.